Zgromadzenie beneficjentów jest pierwszym i podstawowym organem fundacji rodzinnej, którego ustanowienie jest zgodnie z ustawą o fundacji rodzinnej obligatoryjne. W jego skład nie muszą jednak wchodzić wszyscy beneficjenci – co do zasady fundator będzie decydował jacy beneficjenci będą mieli takie uprawnienia (i obowiązki).

Zasady funkcjonowania zgromadzenia beneficjentów są – podobnie jak zarząd – niemal identyczne do zasad działania zgromadzenia wspólników w spółce z ograniczoną odpowiedzialnością. Obowiązują bowiem analogiczne zasady zwoływania zgromadzeń beneficjentów i zakres powierzonych zgromadzeniu beneficjentów kompetencji, z tą różnicą, że w przypadku fundacji rodzinnej swoboda w kształtowaniu tych zasad jest większa, aniżeli w przypadku spółek prawa handlowego.

Wola zgromadzenia beneficjentów jest uzewnętrzniana w uchwałach. Zgodnie z ustawą, takie uchwały są obowiązkowe w przypadku między innymi:

Najważniejsze przy formułowaniu statutu fundacji rodzinnej w części dotyczącej zgromadzenia beneficjentów fundacji rodzinnej będzie zatem określenie tego, kto z beneficjentów będzie zasiadał w tym organie. Ponieważ ustawodawca pozostawia fundatorowi swobodę w tym zakresie, można na przykład wprowadzić kryterium wiekowe (np. wszyscy beneficjenci powyżej 25 roku życia) bądź stopnia pokrewieństwa (np. wszyscy beneficjenci będący krewnymi fundatorów w linii prostej). Może to mieć niezwykle doniosłe znaczenie dla funkcjonowania fundacji rodzinnej po śmierci fundatorów, dlatego wymaga rozwagi i przemyślenia.